刘瑾送来的藏银等经过朱厚照的验收之后全都送进了内库，大明国库与内库部分，这些金银既可以算作是皇家的私有财产也可以当做国库的银两宫户部使用。
不管如何对于这上百万两黄金以及上千万两的白银，不管是朱厚照还是朝中大臣都很满意，别看那些个大臣平时骂东厂有多凶，这个时候不知道有多少人都在心里遗憾东厂的人为什么不多贪污一点呢，那样的话就可以查没更多的银子了。.
完成了巨额财产上交的刘瑾得到了朱厚照以及朝中大臣们的一致赞扬，当然朱厚照那时真心赞扬，不过大臣们则绝对是口是心非了，不管如何趁此机会朱厚照也直接否决了大臣们要求裁撤了东厂的请求。
不但如此，在第二天早朝的时候朱厚照明确要求刘瑾也去参加了，在早朝上朱厚照当着所有人的面要求刘瑾尽快将东厂能够重建起来，而且不但要重建，还要把东厂建成一个遵纪守法、爱护百姓，以惩治贪官污吏己任的新型东厂。
得到这个结果大臣们虽然有点失望，不过想到之前就已经预料到这个结果了，而且此次东厂绝对算是已经伤筋动骨了，大部分的人也就不再计较了。
而刘瑾得到朱厚照当着满朝文武的承诺，心里早已经乐开花了，重建东厂是必要的，但是如何操作，把东厂变成什么样子，平时如何行事这些东西刘瑾却不敢擅自拿主意。在早朝结束之后刘瑾直接找上了朱厚照，向朱厚照请教。
正德元年九月二十二日对整个大明朝是普通的一天，但是对于东厂来说却是它涅槃重生的一天，就是在今天，在刘瑾的主持之下，在朱厚照的资金支持之下，东厂进行了根本性改变。
首先刘瑾做的第一件事就是重新招募东厂人员。之前的一番动作导致东厂十之**的人都被自己关了起了，整个东厂仅剩下几十个人在维持运转，整个东厂的工作几乎陷入瘫痪。所以要恢复东厂首先得招够了人手了。
以前东厂的人除了最高层的管理者为宦官之外，其余的大都是从锦衣卫抽调过来的，不过由于这一次东厂的人员缺口实在是太多了。哪怕是锦衣卫都无能为力了，如果让锦衣卫把东厂所有的人员缺口都给补上了，那么估计到时候东厂是好了，但是锦衣卫就废了。
仅仅从锦衣卫得到了少量的人员补充，但是距离恢复正常运转还差的远呢，刘瑾一方面从东厂内部人员的家眷当中寻找合适的人手，另一方面又将此事禀报了朱厚照，之后得到了朱厚照的准许，刘瑾得以从五城兵马指挥司中抽掉了所需的人手。终于经过一连七八天的努力之后东厂终于又凑齐了整编。
人数凑够了，东厂的工作似乎要慢慢的恢复了。而就在所有人都以为东厂的事情就到此为止的时候，突然朱厚照颁布了一份诏书，诏书上面是刘瑾依照朱厚照的旨意在和下手经过长时间研究之后制定出来的一套东厂的行动规范。
以前的东厂由于权限过大，再加上伸手皇上信任，所以行事肆无忌惮。很多事情想怎么办就怎么办，除了一些口头上的限制之外，根本就没有一套专门为东厂制定的行动章程以及规范。而这一次刘瑾他们根据实际情况经过冬天的讨论之后东厂的第一套行动章程与规范终于被制定了出来。
根据这套规范书，对东厂的所有侦查、缉拿以及审讯的权利都作出了详细的规范，同样的为了避免再次出现东厂凌驾于朝堂之上、欺压百姓、大肆行贿的情况，对这套规范书也对东厂作出了多方面的限制。
之后的东厂最主要的任务还是监视、侦查有谋逆之言或者之行、妖言惑众或者大奸大恶之徒。同时东厂还要负责监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量。并有权将监视结果直接向皇帝汇报。依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，不经司法审判，东厂可以直接逮捕，但是之前东厂的审讯权却被取消了。对于需要审讯的犯人东厂在审讯之前需要首先提交都察院，然后经由都察院派遣人员负责审讯，而东厂负责审讯的具体过程，不过全程需要接受都察院的监督与指示。对于审讯的结果需要都察院与东厂双方共同签字确认才能生效。
而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。在审讯指示除了要有都察院的参与之外还要有皇上派人专门聆听，到时候将以由都察院和东厂共同主导进行审讯。但是皇上派去监视与聆听之人有权全权否决审讯结果以及更改审讯方式。
以后的东厂虽然同样还是专门为皇帝负责的特务机构，但是却有了来自都察院的羁绊与监督。
同时东厂的大部分活动也将有公开转为秘密进行，也就是说从今以后那个经常在大街上行事肆无忌惮的东厂将要消失在大部分人的视线之中了。
在东厂内部的制度上，东厂没有进行太大的改变，不过却在内部秘密的增设了多个分支机构，首先按照地域的不同，东厂在设立了针对每个省份的分支机构，而且为了加强对外的监视，东厂还专门设立了一个监视周边属国的机构。
其次，依照着需要监视的人的身份不同，针对需要监视的普通人、官员、军队将领等的不同，又在每个分支机构当中再次细分不同的负责人。
除了平时东厂需要接受来自都察院的监督之外，每一年东厂还需要进行一次内部的核查，对当年之内每一个人的工作都要进行考评，审查有无违纪行为，而每一年审讯的卷宗都要重新核查一遍。而每三年，内阁有权派人对东厂所有的审案卷宗进行一次大规模的核查，一旦发现当中有冤假错案需重新审理，而如果有内阁发现了又何违法行为需要交由都察院和刑部进行审理。
这一次为了操办东厂的事情，刘瑾可算是下足了功夫了，自从得令重建东厂之后刘瑾可谓是每天吃穿住全都在东厂了，最终功夫不负有心，经过半个多月的努力，东厂的一切重建都已经完成，而新的东厂也已经开始了正常的运转了。
而就在刘瑾抓紧时间重建东厂的是时间内，有一件大事震惊了朝野，那就是司礼监掌印太监王岳竟然被抓了。
虽然之前东厂内部抓了那么多贪污**的官员，很多人就猜想王岳肯定会受到影响，但是由于此时孝宗还在，王岳作为跟了孝宗十几年的老人了，虽然在东厂的事情上有不小的责任，但是所有人都以为朱厚照应该会看在孝宗的面子上放过王岳，或者顶多将他革职而已，但是没想到现在突然之间王岳被压入了大牢，而且家也被抄了。这个结果实在是出乎很多人的预料。